Spółka SKPL Cargo wywodzi się z założonego w 2001 roku Stowarzyszenia Kolejowych Przewozów Lokalnych, będącego organizacją non-profit ukierunkowaną na utrzymanie kolei wąskotorowych, wyłączonych ze struktur PKP. SKPL od samego początku tworzone było przez grupę hobbystów, wspieraną przez wykwalifikowaną kadrę pracowników kolejowych, zatrudnianych równolegle z przejmowaniem kolejnych linii.
Działalność SKPL w początkowych latach skupiała się głównie na przewozie rzeczy i osób na wydzielonych sieciach kolei dojazdowych. Od 2002 roku prowadzi regularne przewozy pasażerskie na liniach wąskotorowych stając się tym samym pierwszym w Polsce prywatnym operatorem kolejowym działającym po roku 1989. Z biegiem czasu zakres usług świadczonych przez SKPL objął także linie normalnotorowe znaczenia lokalnego, a także eksploatację bocznic kolejowych i transport wewnątrzzakładowy.
Dziś wyspecjalizowane Spółki działające w ramach SKPL świadczą głównie usługi w zakresie obsługi ruchu manewrowego na rzecz wiodących kolejowych firm przewozowych i przemysłowych, operatorów logistycznych oraz spedytorów, a także w zakresie serwisu oraz utrzymania lokalnych linii kolejowych wyłączonych ze struktur PKP, w tym również infrastruktury zakładowych bocznic kolejowych. Od 2018 oferta usług SKPL została rozszerzona o wynajem spalinowych zespołów trakcyjnych i podwykonawstwo w zakresie realizacji przewozów pasażerskich na liniach stanowiących końcówki systemu transportowego w całym kraju.
